福建省共有11所二本大學參與了2016福建二本大學排名，其中排名第一的是福建工程學院，排名第二的是廈門理工學院，排名第三的是閩南師范大學，排名前10的大學還有閩江學院、泉州師范學院、三明學院、福建江夏學院、莆田學院、武夷學院、寧德師范學院，以下是福建二本大學排名2016具體榜單：
| 福建二本大學排名 | 全國排名 | 學校名稱 | 學校類型 |
| 1 | 377 | 福建工程學院 | 理工 |
| 2 | 412 | 廈門理工學院 | 理工 |
| 3 | 433 | 閩南師范大學 | 師范 |
| 4 | 466 | 閩江學院 | 理工 |
| 5 | 506 | 泉州師范學院 | 師范 |
| 6 | 560 | 三明學院 | 綜合 |
| 7 | 580 | 福建江夏學院 | 綜合 |
| 8 | 632 | 莆田學院 | 綜合 |
| 9 | 632 | 武夷學院 | 師范 |
| 10 | 638 | 寧德師范學院 | 師范 |
| 11 | 643 | 龍巖學院 | 師范 |
